Kegiatan penelitian diklasifikasikan ke dalam dua program yaitu Program Pembinaan dan Program Penelitian Mandiri. Program Pembinaan diarahkan untuk menghasilkan peneliti mandiri, publikasi bertaraf nasional/internasional dan peningkatan budaya meneliti produktif. Program ini mencakup berbagai penelitian baik yang didanai internal fakultas melalui DIPA PNBP Fakultas Ekonomika dan Bisnis UNDIP, dan dana-dana lain baik yang bersumber dari pemerintah maupun swasta. Program Penelitian Mandiri lebih diarahkan untuk menciptakan inovasi dan pengembangan IPTEKS dengan dana mandiri dari masing-masing peneliti.
Penelitian yang didanai dari berbagai sumber lainnya di luar dana DIPA FEB UNDIP dan dikoordinasikan oleh Lembaga Penelitian UNDIP antara lain :
- Program Penelitian Menuju World Class University
- Program Penelitian DRPM KEMENRISTEKDIKTI, di antaranya :
- Penelitian Kerjasama Luar Negeri
- Penelitian Berbasis Kompetensi
- Penelitian Strategis Nasional
- Penelitian Penciptaan dan Penyajian Seni
- Penelitian Dosen Pemula
- Penelitian Sosial Humaniora dan Pendidikan
- Penelitian Kerjasama Antar Perguruan Tinggi (PEKERTI)
- Penelitian Tim Pascasarjana
- Penelitian Disertasi Doktor
- Penelitian Pendidikan Magister Menuju Doktor Untuk Sarjana Unggul
- Penelitian Pasca Doktor
- Penelitian Dasar Unggulan Perguruan Tinggi
- Penelitian Terapan Unggulan Perguruan Tinggi
- Penelitian Pengembangan Unggulan Perguruan Tinggi
- Program Penelitian Program Fasilitasi Perguruan Tinggi Propinsi Jawa Tengah,di antaranya:
- Penelitian Dosen Muda
- Penelitian Terapan
- Penelitian Inovatif Mahasiswa
- Lomba Karya Tulis Mahasiswa
- Program Insentif Kementerian Riset, Teknologi dan Pendidikan Tinggi
- Program Riset Unggulan Terpadu (RUT) Propinsi Jawa Tengah